Kujawsko-Pomorska Federacja Organizacji Pozarządowych powstała w wyniku współpracy partnerskiej kilkunastu kujawsko-pomorskich NGO – na bazie Porozumienia o współpracy toruńskich organizacji pozarządowych zainicjowanego w 2007 roku, które było pierwszą próbą stworzenia platformy i kontaktu dla organizacji działających w obszarze społecznego wykluczenia. Porozumienie koncentrowało się przede wszystkim na wymianie informacji i poszukiwaniu możliwości ubiegania się o środki finansowe, głównie z Unii Europejskiej.
Do powstania Federacji przyczynił się również projekt „Profesjonalna branżowa reprezentacja organizacji pozarządowych” (współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego). Projekt z założenia miał pomóc kilkunastu stowarzyszeniom i fundacjom w budowaniu mechanizmów współpracy, nauczyć zdobywania środków na działalność organizacji, zachęcić do wspólnych działań rzeczniczych i pomóc w tworzeniu profesjonalnych kampanii promocyjnych. Dzięki cyklicznym, wspólnym spotkaniom, dwu- i trzydniowym wyjazdom szkoleniowym i stałemu kontaktowi poszczególne organizacje zaczęły blisko ze sobą współpracować. Powołanie Federacji pojawiło się jako efekt wspólnych przemyśleń i dyskusji. Okazało się rozwiązaniem, na które wszyscy czekają, a które służyć ma organizacjom członkowskim w skuteczniejszym rozwiązywaniu problemów ich indywidualnej i wspólnej działalności.