Zgodnie ze Statutem, Władze Federacji to Walne Zebranie Członków, na którym każda z organizacji reprezentowana jest przez jednego przedstawiciela i ma jeden głos, Zarząd Federacji oraz Komisja Rewizyjna Federacja.

Zarząd Federacji (kadencja 2022-2026)
-- wybrany na okres czterech lat przez Walne Zebranie Członków Federacji w dn. 25 sierpnia 2022 roku --

Prezes Zarządu: Jan M. Grabowski (Pomorska Fundacja Rozwoju, Kultury i Sztuki)
Wiceprezes Zarządu: Elżbieta Wysocka (Stowarzyszenie Rozwoju Solca Kujawskiego)
Wiceprezes Zarządu: Andrzej Maczassek (Stowarzyszenie "Jestem")

Komisja Rewizyjna (kadencja 2023-2027)
-- wybrana na okres czterech lat przez Walne Zebranie Członków Federacji w dn. 16 czerwca 2023 roku --

Przewodniczący Komisji Rewizyjnej: Tomasz Dominiak (KS ZRYW Radziejów)
Członek Komisji: Joanna Danicka (CISTOR - Stowarzyszenie Partnerstwo Społeczne)
Członek Komisji: Marta Młynarczyk (Fundacja na Rzecz Osób Niepełnosprawnych "Arkadia" w Toruniu)