Zgodnie ze Statutem, Władze Federacji to Walne Zebranie Członków, na którym każda z organizacji reprezentowana jest przez jednego przedstawiciela i ma jeden głos, Zarząd Federacji oraz Komisja Rewizyjna Federacja.

Zarząd Federacji
Prezes Zarządu: Jan M. Grabowski (Pomorska Fundacja Rozwoju, Kultury i Sztuki)
Wiceprezes Zarządu: Katarzyna Śmigielska (Fundacja Feniks)
Wiceprezes Zarządu: Łukasz Broniszewski (Fundacja Stabilo)

Komisja Rewizyjna
Hanna Brzuszczak (Toruńskie Stowarzyszenie Aktywności Społecznej)
Elżbieta Jacewicz (Stowarzyszenie Azyl na Rzecz Pomocy Kobietom i Dzieciom Ofiarom Przemocy)
Marzenna Sobiecka (RC Fundacja Konsultingu i Rehabilitacji)